2003年，国药外贸成立了从事医药及相关产品的保税仓库——中国医药对外贸易公司公共保税库。2010年，与北京综合保税区开发管理有限公司合资成立综保区（北京）国际医药分拨中心有限公司。综保区（北京）国际医药分拨中心有限公司（以下简称“国药保税”）位于北京天竺综合保税区，总建筑面积达2.6万平方米，是符合GSP规范要求的现代化第三方医药分拨中心，是天竺综保区内获批“货物按状态分类监管”政策的试点企业，享有保税与非保相融合的创新医药仓储模式。

国药保税设有2座单体现代化仓库。设有常温药品库、全阴凉药品库、2-8℃冷藏库和-20℃冷冻库，其中还设有自动化立体库和贵重药品库，用于存放药品、诊断试剂和血液制品等多品类货物。库区实施全方位的信息化管理，仓储管理使用曼哈顿WMS系统，温湿度监测采用中央监测管理系统，安防配备了数字化视频监控系统，运输配送管理使用国药集团物流TMS系统。根据客户需要提供可视化的信息管理服务。

国药保税以“区港一体”为突出优势，实现真正的“大通关”。利用区内货物管理优势，可提供分送集报便捷通关模式和“一次通关多次报关”的进口药品管理操作。